I want to continue seeing you, even if it is as friends with benefits
訳としてはこれが一番適しているかと思いますが、直接言うセリフとしては少し違和感が残ります。（意味合いとしてではなく（笑））
"Friends with benefits"とはそのままで、「利益ある友人」という直訳になり、対等な立場を意味します。第三者がそういった関係を表す場合ですね。ですがこちらの表現は言う側が、「セフレでもいいから」と、自分を下からお願いしている印象を受けます。
直接言う場合は
"Even if its only physical for you, I'd like to keep seeing you."
と「あなたにとっては体目的でも、自分は会い続けたい」が状況を説明する気がします。
I know we are friends with benefits, but I still wanna see you.
I still wanna see you, knowing that we are only friends with benefits.
①I know we are friends with benefits, but I still wanna see you.
セフレだって知ってるけど、それでも会いたい。
②I still wanna see you, knowing that we are only friends with benefits.
あなたとまだ会いたい、私たちがただのセフレって知りながらも。
これからも今まで通り会いたい、というニュアンスは、
I still wanna see you
で十分伝わると思います。
体の関係にまでなっているので、
friends with benefits を使うのは少し硬い気がしますが、
状況をはっきり理解している相手に、メールとか手紙でならいいかもしれません。
I still wanna see you even if you only want sex.
体だけが目的だとしても、あなたに会いたい。
ストレートに言うとこんな感じになると思います。
If you see me just as a friend with benefits, that's fine. I still wanna see you.
friends with benefits を使った言い方でと指定されてましたので、無理やり使いましたが、
本当はfuck buddyとかの方が「セフレ」のニュアンスには近いと思います（品のある言い方ではないですが、そういう文脈だと思いますので）。
see A as Bは「AをBとして見る」なので、
直訳は「あなたが私をセフレとして見ているなら、それでいいの。それでも会いたいよ」です<m(__)m>
日本 
