英語で修飾するはmodifyです。
一番シンプルに言えば
Only B modifies A.
（ＢだけがＡを修飾する）
It is only B that modifies A.は
強調構文（分裂文）と呼ばれる文です。
It is … that ～の形で
～なのは…だという意味になります。
Only B modifies A.の文では
it isの後にonly Bを続けて、thatの後ろに
modifies Aを持ってきます。
It is only B that modifies A.
（Ａを修飾するのはＢだ）
という意味になります。
もし難しければ、Only B modifies Aで十分通じますので
安心して下さい。
参考になれば幸いです。
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