My eye has been sore since this morning, but it's not too bad.
My eye has been bothering me all day, but it's manageable.
この場合、次のように言うことができます。
ーMy eye has been sore since this morning, but it's not too bad.
「たいしたことないけど、今朝から目が痛い」
今朝から今までということは現在完了形を使って言うと良いでしょう。
it's not too bad「そんなにひどくない」＝「たいしたことではない」と言えます。
ーMy eye has been bothering me all day, but it's manageable.
「一日中ずっと目に不快感があるが、我慢できるくらいです」
これを言っているのが午後やそれ以降なら、今朝からということは all day「一日中」とも言えますよね。
ご参考まで！
カナダ 
