Do you know if she cleaned up the mess she made on her desk?
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーHas she cleaned her dirty desk yet?
「彼女は汚れた机を掃除しましたか？」
この質問をしている時点までに彼女が机の掃除を終えたかを聞いています。
ーDo you know if she cleaned up the mess she made on her desk?
「彼女が汚した机をきれいにしたか知ってる？」
ただ掃除をしたかを聞くなら、このような言い方もできます。
ご参考まで！
カナダ 
