こんにちは。
・What are you thanking me for?
何にお礼を言ってるの?
・Why are you thanking me?
なんでお礼を言ってるの?
上記のように言うことができます。細かなニュアンスの違いですが what の方は「何に対して」で why は「なぜ」になります。
例:
A: Thank you mommy!
ママありがとう!
B: What are you thanking me for?
何にお礼を言ってるの?
A: For being my mommy!
私のママでいてくれて!
ちなみに、Why are you thanking me? ですが、me のところを強調すると「なんで私にお礼を言っているの?(言うべき相手は違う人でしょ)」のようなニュアンスにも使えます。
ぜひ参考にしてください。