They use LINE to contact even though they are facing each other
They talk through LINE even though they stay together
They contact each other by LINE even though they see each other face to face
回答1訳:「彼らはお互いに向かい合っているのにもかかわらず、ラインを使って連絡を取る」
回答2訳:「彼らは一緒にいるにもかかわらず、ラインで会話をする」
回答3訳:「彼らは面と向かい合っているにもかかわらずラインで連絡を取り合う」
日本語では特に表現はありませんが、ニュアンスとして「にもかかわらず」という表現を入れました。(もし、違っていたらすみません)
基本的に
「目の前にいる人同士」というには、
"face each other"や"see each other face to face"という言い方が可能です。
また、細かく言うと意味は違いますが、「一緒にいる」というニュアンスとして
"stay together"という表現もありかもしれません。
「(SNSなどを使って)やりとりをする」と言いたい時は、
"use 〇〇(ある手段)to contact"や"talk through 〇〇"、"contact each other by 〇〇"
などと色々ありますので、しっくりくるものを使ってみてください。