We're in the process of changing our toilet from a Japanese style to western style toilet.
We're switching from an old Japanese style toilet to a western style toilet.
トイレの便器交換だけの工事の場合、remodel や renovate はあまり使いません。
もしトイレの便器だけでなく、壁や床やトイレ全体の工事なら remodel や renovate を使っても大丈夫です。
和式トイレから洋式トイレに変更とのことですので、便器の交換だけと仮定して言うと
1) We're in the process of changing our toilet from a Japanese style to western style toilet.
2) We're switching from an old Japanese style toilet to a western style toilet.
のように、change や switch「交換する」を使って言うと良いでしょう。
ご参考になれば幸いです！
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