I think you are overestimating me, but I appreciate that.
I'm flattered.
It's so nice of you to say so.
あまり敬語という概念がないので、ビジネスシーンでもOKですし、カジュアルな場で使うこともできます(例えば、この一文でどちらにも訳せます)
I think you are overestimating me, but I appreciate that.
あなたは私を過大評価しているような気がしますが、(その言葉)有り難く受け取っておきます。
過大評価されている気がしないでもないけど、ありがとう。
I'm flattered.
光栄です。
個人的には、こちらは親しい間柄でふざけている時に使う機会が多いため(わざと大げさに言ってみたり、気取った言い方をしたい時など)、実際に言うのは私はちょっと気恥ずかしいです。でも使うと思います。
It's so nice of you to say so.
そんな風に言ってくれるあなたこそとても素晴らしいです。
褒めてくれた相手を褒め返すという方法です。nice は日本語に訳しにくい言葉ですが、この場合は「優しいですね」にも近いかもしれません。
最初の so は「とても」という強調、次の so は 「そのように」という意味で使われています。