I didn't mean to come all this way and impose on you.
Sorry about bursting in on you like this. I hope you don't mind.
詳しいシチュエーションがわかりませんが、迷惑を承知で押しかけてきてしまった、とのことなので impose on や burst in on などの表現を使って言うのが良いと思います。
例文で見てみましょう。
ーI didn't mean to come all this way and impose on you.
「こんなところまで来て押しかけるつもりはなかった。」
come all this way 「こんなところまで来る」
impose on 「人に迷惑をかける・人のところに押しかける」
ーSorry about bursting in on you like this. I hope you don't mind.
「こんな風にあなたのところに押しかけてごめんなさい。迷惑でないといいのですが。」
burst in on someone で「人のところに押しかける・突然やってくる」
ご参考まで！
正直あまり使われるフレーズではないと思うので、自然な言い方ではないかもしれませんが、これでニュアンスは伝わると思います。
I'm sorry for coming all the way here.
ここまでわざわざ来てごめんなさい。
all the way は「この全ての行程をたどってきた」という意味から「遠路はるばる」「わざわざ〜まで」という意味になる表現です。ですが、こういう場合よりも、以下のような場合に聞くことが多いです。
I came all the way here to your house, but you weren't there!
あなたの家までわざわざ行ったのに、あなたはいなかった！
Thank you for coming all the way from Europe.
ヨーロッパから遠路はるばる来てくれてありがとう。
He came all the way here just to buy shoes.
彼は靴を買うためだけにわざわざここまで来た。
状況によっては I'm sorry to bother you but... 「あなたの邪魔をして（あなたの貴重な時間を割いてしまって）ごめんなさい、でも…」という方が使えるかもしれません。
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