When I hold my card over it, it beeps and tells me there's an error.
ーWhen I tap my card, it says there's an error.
「カードをかざすとエラーがでます。」
tap はタッチパネルなどのデバイスに指で軽く触れたり、カードを軽く触れる行為のことを言います。
ーWhen I hold my card over it, it beeps and tells me there's an error.
「カードをかざすと音が鳴ってエラーがでます。」
hold one's card over ... で「…にカードをかざす」と言えます。
エラーなどで警報音が出ることを beep を使って表現できます。
ご参考まで！
ご質問ありがとうございます。
辞書で「かざす」はhold upに訳されているかもしれません。1番目の回答英文ではhold upを使いましたが2番目のscanの方が自然だと思います。
下に駅員さんに会話を紹介します。
Excuse me. When I hold up my card, there's an error.
他の言い方：
-When I try to use my card, there's an error.
-I can't use my card.
-My card isn't working.
ご参考いただければ幸いです。
カナダ 
アメリカ合衆国 
