ご質問ありがとうございます。
表現方法はたくさんありますので、その中でも２つご紹介しますね。
まず、「なるほど」という相槌は I see. や Alright. を使うことができます。
また、"Not A, it's actually B." ということによって
「Aではなく、（実際は）Bだということですね」
と表現できます。
このときに、"You mean not A, it's actually B." と You mean を文頭につけると、「あなたが言っているのは…ということですね」と確認の意味を強めることができます。
さらに、"A is not right and B is correct." で
「Aは正しくない、そしてBが正解ですね」
と言うことができます。
ご参考になれば幸いです。
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