Even though I didn't want her to come, my daughter ended up coming into the room.
ご質問ありがとうございます。
「来てしまった」はそのまま英語で「ending up coming」と言います。
また、「来ないでほしいのに娘（5歳）が部屋に入ってきてしまった」と言いたいなら、英語で「Even though I didn't want her to come, my daughter ended up coming into the room.」になります。
ご参考になれば幸いです。
こんにちは。
さまざまな言い方ができると思いますが、下記のような英語表現はいかがでしょうか：
My daughter has come into the room.
娘が部屋に入ってきてしまいました。
シンプルですが、このように言うことができます。
came into the room（部屋に入ってきた）と言うこともできますが、has come into the room と言うと「今」入ってきたようなニュアンスを感じます。
ぜひ参考にしてください。
アメリカ合衆国 
