シチュエーションがわかりませんが、次のように言うことができます。
ーSorry I doubted you.
「あなたのことを疑ってごめん」
doubt は真実性や正当性を疑うときに使えます。
ーSorry I didn't trust you.
「あなたのこと疑ってごめん」
didn't trust you と言うと、相手の能力や結果に対して確信を持たないという意味の疑いを意味します。
ーSorry I didn't have more faith in you.
「あなたを疑ってごめん」
ここの faith は「信頼・信用」という意味なので、Sorry I didn't have more faith in you. だと「あなたをもっと信用しなくてごめん」となります。
ご参考まで！
ご質問ありがとうございます。
・「I'm sorry for doubting you.」「Sorry for doubting you.」
（意味) 疑ってごめんね
<例文>I'm sorry for doubting you. It was my fault for not trusting you.
<訳>疑ってごめんね。 信用しなかったの私のせいだよ。
参考になれば幸いです。
カナダ 
アメリカ合衆国 
