If there is a question that you need to ponder, let’s discuss it individually.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
『個別に協議する』は、
状況によっていくつか言い方が考えられますが、シンプルに
discuss individually と言えます。
また、discuss xxx separately from zzz とすると、
『xxxをzzzから切り離して協議する』ともなります。
『回答に迷う問題については、個別に協議しましょう』は、
If there is a question that you need to ponder, let’s discuss it individually. と表現できます。
ここでは、協議せずに、後でまたは後日あらためてその人と協議するという意味合いですね！
メモ
ponder a question 質問の答えを思い巡らす
参考になれば幸いです。
「個別に協議する」は discuss on a case-by-case basis や discuss individually と表現されるのが一般的です。
例：
For issues that are difficult to answer, let's discuss them on a case-by-case basis.
回答に迷う問題については、個別に協議しましょう。
We should discuss any tricky questions individually.
判断が難しい質問に関しては、個別に話し合いましょう。
case-by-case basis = ケースバイケースで、個別に
individually = 個別に
discuss = 協議する、話し合う
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