If there is a question that you need to ponder, let’s discuss it individually.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
『個別に協議する』は、
状況によっていくつか言い方が考えられますが、シンプルに
discuss individually と言えます。
また、discuss xxx separately from zzz とすると、
『xxxをzzzから切り離して協議する』ともなります。
『回答に迷う問題については、個別に協議しましょう』は、
If there is a question that you need to ponder, let’s discuss it individually. と表現できます。
ここでは、協議せずに、後でまたは後日あらためてその人と協議するという意味合いですね！
メモ
ponder a question 質問の答えを思い巡らす
参考になれば幸いです。
日本 
