the mastermind behind the scene
(ザ マスターマインド ビハインド ザ シーン)
■mastermind
「黒幕」「立役者」という意味です。
■behind the scene
「その場面の後ろの」
【behind the ~】
とつけることで、
『~の黒幕』
という意味を出すことが出来ます。
例:the mastermind behind the plot
「その計画の黒幕」
言い方は上述のようにいろいろありますが、「裏で糸を引いてるボス」というのであれば"matermind"が一番よく用いる言い方ですね。ただニュアンスとして「指導力・実力の実質的トップ」というよりは「行動を立案するブレイン」という方が近く、日本語における「黒幕」とは若干異なるのでご注意ください。
なお映画などに登場する「悪の黒幕」に限って言えば、すこしお茶けた言い方になりますが"the big baddy" なんてのもあります。日本語にてニュアンスを伝えると「一番悪いヤツ」でしょうか。子供などに物語の説明をするとき用いると良いでしょう。