骸骨(がいこつ)は人体の骨のこと。
海賊船といえば骸骨マークの旗を掲げているイメージです。
Skeleton は骸骨(頭含め体全部のこと)。
Skull は骸骨だけど、頭だけの骨のことです
When I think of a pirate ship, I picture a black flag with a skull.
(海賊船を想像すると、骸骨マークの黒い旗のイメージ)。
I have a skull tattoo on my back.
(背中に骸骨(頭)のタトゥーがある)。
「骸骨」は英語では"Skeleton"と言います。これは人間や動物の体の骨組み全体を指す言葉です。
また、質問者様が言及した「海賊船に掲げられている骸骨マークの旗」のことを英語では "Jolly Roger" と呼びます。Jolly Rogerはクロスボーン(Skull and Crossbones)とも呼ばれ、つまり頭蓋骨(Skull)と交差した二本の骨(Crossbones)が描かれています。これが海賊旗として広く認識されています。