悪しからずって英語でなんて言うの？

英語でぴったり該当するような表現がありませんが、
以下のようなステップで説明すればお伝えしたい内容が丁寧に伝わると思います。
１．期待に沿えない理由を説明する、
２．それについて謝罪の意を表す、
３．理解を求め、お礼を言う。

それぞれの回答をそのまま直訳すると、以下のような意味になります。

【回答１】ご理解頂きありがとうございます。
→これは、「ご理解のほど、よろしくお願い申し上げます」というニュアンスで、よく使われます。

【回答２】(それによって生じる) 不都合について、事前にお詫び申し上げます。

例えば、取引先へのメールなどでは、こんな風に使えます。

Dear Mr. xxx.
Thank you for your purchase order about the product A (10 pieces).
We have checked our stock and found out that only 9 pieces are available at this moment. It will take another 2 weeks to deliver the rest.
We are very sorry but could you please let us know if you can wait for another 2 weeks?
We apologize in advance for your inconvenience that it may cause.
Thank you for your understanding.

（ｘｘｘ様、商品A10個の発注をありがとうございます。確認したところ、現在9個しか
在庫がなく、残りをお届けするにはもう2週間かかってしまいます。大変申し訳ありませんが、あと2週間お待ち頂くことは可能かどうか、ご確認願えますか？それによって生じる不都合について、事前にお詫び申し上げます。ご理解頂きありがとうございます。）

ご参考になれば幸いです！

Thank you for your understanding.
I appreciate your understanding.
この2つは理解して下さってありがとうございます。という表現です。
悪しからずご了承下さい。
という表現は、相手が了承したかどうか関係なしに言うと思いますので、
そういう意味では、相手が理解したかどうかはあまり関係ない
Thank you for your understanding.
という表現とほぼ同じ意味だと思います。

We apologise for the inconvenience.
ご迷惑をおかけして申し訳ございません。
という意味です。

I hope this will help you.
お役に立てば嬉しいです。