ここでの「欠乏」は deficiency (不足していること）を使って言うと良いです。
「ビタミン欠乏症」と言うなら vitamin deficiency と言えますね。
あとは lack（必要なものがないこと）を使っても言えます。
to lack vitamins in one's diet「食事にビタミンが不足している」
例：
I have a vitamin deficiency.
「私はビタミン欠乏症です。」
There are some vitamins lacking in my diet.
「食事に幾つかのビタミンが不足している。」
ご参考まで！
カナダ 
