「（空輸でも、陸路でもなく）船積みで納品する場合は、書類Aを提出してください。」といいたいのですが、In the case of shipping... だと、空輸・陸路も含むと認識しています。
「船積み」と言いたい場合は何と言えばいいでしょうか？"When transported/delivered by ship..."だと、意味が明確になりますか。
When transported by ship only (not by airmail or overland)
"When transported/delivered by ship" とは意味が明確だと思います。
まだ迷っているなら "only" 「のみ」 も付けられます。そして、日本語の回答の本文と同じように英語でも言えます。
「（空輸でも、陸路でもなく）船積みで」とは英語で言っていいと思います。
When transported by ship only (not by airmail or overland)...
そうすれば絶対明確になると思います。
アイルランド 
