As the typhoon moves toward shore, the underwater tumult can cause shifting sands and muddy shallow waters, and that’s why the Pacific Ocean side of Japan is murky.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
『巻き上げる』は、例えば、『ほこりを巻き上げる』であれば、kick up が使えますが、この場合は、
As the typhoon moves toward shore, the underwater tumult can cause shifting sands and muddy shallow waters, and that’s why the Pacific Ocean side of Japan is murky.
として、『台風が海岸に近づくにつれ、海中で混乱を起こし濁った浅瀬をつくるため、日本の太平洋側は濁っています。』と表現するのはいかがでしょうか。
メモ
underwater 水中の
tumult 混乱
muddy 濁った、曇った
murky 濁った、よどんだ
参考になれば幸いです。
Typhoons churn up sand and mud from the seafloor.
churn up は「かき回して巻き上げる」です。
海底の砂や泥が波でぐちゃぐちゃにされて舞い上がる感じが出ます。
from the seafloor を入れると「海底から」がはっきりします。
A typhoon stirs up sediment from the seabed.
stir up は「かき混ぜて巻き上げる」で、少しニュートラルで使いやすいです。
sediment / seabed を使うと説明がスマートになります。
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アメリカ合衆国 
