How do you~?で「どのように~しますか?」という意味です。
発音を尋ねるときには
How do you pronounce this word?
「この単語はどうやって発音しますか?」
のようによく言います。
これにagainを付けて、もう一度教えて欲しいニュアンスを生み出します。
How did you say you pronounce this word?は
「この単語の発音はどのようにするとおっしゃいましたっけ?」
と尋ねることで、もう一度言って欲しいことを伝えています。
ご参考になれば幸いです。
Could you tell me how to pronounce this word again?
「この単語の発音をもう一度教えてください」はこのように言えます:
Could you pronounce this word again?
「発音する」はpronounceといいます。
ちょっと言い回しですが、Could you pronounce this word again?は、
「この単語をもう一度発音してくれますか?」という意味です。
Could you tell me how to pronounce this word again?
「この単語の発音のしかたをもう一度教えてくれますか?」というニュアンスです。