Should we/I circle all the words with the same sounds?
Do you mean we/I should circle all the words (which are) pronounced the same way?
Should we/I circle all the words which/that have the same sounds?
同じ発音の単語全てに丸しますか は
Should we/I circle all the words with the same sounds?
(直訳・同じ音を持つすべての単語に○をつけるべきですか?)
(「○をつける」は circle(まる)に、動詞もありますから、これを使います。)
あるいは
Do you mean we/I should circle all the words (which are) pronounced the same way?
(直訳・同じように発音されるすべての単語に○をつけるという意味ですか?)
(mean 意味する pronounce 発音する 関係代名詞のwhich と are は省略可能)
または、例文1ににていますが、関係代名詞を使って
Should we/I circle all the words which have the same sounds?
(直訳・同じ音を持つすべての語○をつけるべきですか。which (関係代名詞)は that でもOK)
なお「発音」という名詞は、pronunciationと、動詞(pronounce)とは 「ナ」「ナウ」の部分のスペリングが少々違いますので、ご注意ください。
ご参考になりましたら幸いです。