「上司に提出した資料に誤りがあったため、資料を差し替えたいです」
1)I would like to give my boss the correct document since the one I submitted had a mistake.
「差し替える」という単語を考えるよりも「正しい資料をボスに渡す」という言い方もできます。こっちの方が簡単に考えられそうです。
2) I would like to switch the document that my boss currently has with the one that I have corrected.
もともとある物と取り替える(差し替える)と言いたい時はswitchも使えます。
何と何を差し替えるのかをしっかり伝える必要がありますね。