上記の３つは総じて「〜に苦労する」「〜に問題が起こる」という意味です。
結果的にそれで時間がかかってしまったということで、遅刻の言い訳などにもよく使われるので「手間取る」にも当てはまるかなと思います。
I’m sorry. I had trouble using Skype.
【訳】ごめんなさい。スカイプうまく使えなくて。
"I'm sorry for the delay. I had trouble operating Skype."
- "I'm sorry for the delay. I had trouble operating Skype."
（遅れてしまってすみません。Skypeの操作に手間取ってしまいました。）
直訳すると「Skypeの操作にトラブルがあった」という意味になります。
他の例文としては、次のようなものもあります：
- "I apologize for the inconvenience. I had difficulty with Skype."
（ご不便をおかけして申し訳ありません。Skypeの操作に苦労しました。）
- "Sorry for keeping you waiting. I was struggling with Skype."
（お待たせしてすみません。Skypeの操作に苦労していました。）
役に立ちそうな単語とフレーズ：
- delay: 遅れ
- trouble: トラブル、困難
- operating: 操作する
- difficulty: 困難
- struggling: 苦労する
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