I studied physics in university.
大学で物理を学んだ。
中学とか高校と一緒、 "in" と言った方が自然です。もちろん、"at" と言うと伝わらないわけではありませんが、"in" の方が自然です。
でも、大学の名前と言う時は逆に "at" の方が正しいです!
例えば Harvard, Yale, Todai(東大) などと言うなら:
I studied law at Harvard.
ハーバードで法学を学んだ。
I studied medicine at Todai.
東大で医学を学んだ。