I think I get the gist of what they are trying to say, but it's a bit complicated.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI think I get the gist of what they are trying to say, but it's a bit complicated.
「言おうとしていることはわかるんだけど、ちょっと小難しい」
to get the gist of ... で「…の要点を理解する」
ここの「小難しい」は complicated を使って表現できます。
ご参考まで!