こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
『目的と手段をはきちがえている』は、
Confusing means and ends と表現できます。
『はきちがえる』は、『二つの物事の意味するところを間違えて把握すること。』ですので、confuse 『混同する・ごっちゃにする』や、misunderstand 『誤解する』が使えると思います。
They are confusing means and ends. As long as they can achieve a goal, it is okay to choose other ways, but they stick to the one for no reason. とすると
『彼らは目的と手段を履き違えている。目的が達成できれば別の手段でも良いのに、その手段に特段大した理由もなく、固執している。』を説明できますね！
また、misunderstand the meaning of を使うと『～の意味を誤解する・履き違える』となります。
メモ
as long as ～である限りは、～さえすれば、～であるならば
stick to ～にこだわる、～に固執する
for no reason 何の理由もなく
参考になれば幸いです。
"They’re mistaking the means for the end."
"They’re confusing the method with the goal."
"They’re too focused on the process and have lost sight of the purpose."
**“means”（手段）**と**“end”（目的）という言葉の対比**がキーワードになります。ここでの「履き違える」は「mistake A for B」「confuse A with B」などで表現できます。
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