こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
『科目ごとに計上します』は、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
We record each item by expense category.
『支出項目別に計上(記入して反映)します。』
と言えます。
また、
We process each invoice by expense category.
とすると、『各請求書を支出項目別に処理します。』とも言えますね!
役に立ちそうな単語とフレーズ
process an invoice 請求書を処理する
accounting record 会計帳簿・記録
Journal entry 仕訳記入
purchase slip 仕入伝票
参考になれば幸いです。