おっしゃられている内容は、私が意味をはっきり理解していない可能性がありますが、
Boys and girls study separately.
「男女が別々に勉強する」
Boys and girls go to school separately.
「男女が別々に学校に行く」
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)
ご質問ありがとうございます。
通学で男女を別けることを初めて聞きました。私の国（アメリカ）男子校(boys school)、女子校(girls school)、共学(co-ed)などはあります。そういう別学はsingle-sex educationです。通学だけの性別がありませんので、簡単な単語もありません。説明で使えるのはseparation of sexes/gender during the commute to and from schoolです。
例文：The school is co-ed, but they separate boys and girls on their commute to and from school.
ご参考になれば幸いです。
日本 
アメリカ合衆国 
