他の曜日は6時間目まであるが、水曜日だけは5時間目までしかないという状況です。We have shorter school hours on Wednesdays. は誤りですか?
Kazさんの英文でも大丈夫ですよ。
その他にも下のように言うこともできます。
ーI don't have many classes on Wednesdays.
「水曜はたくさん授業がない。」
class(es) で「授業」
ーI only have classes until the 5th period on Wednesdays.
「水曜は5時間目までしか授業がない。」
fifth period で「5時間目」
ご参考まで!