At what time did you make the appointment with the hospital?
ご質問ありがとうございます。
「病院の予約は何時?」の場合は①の"What time is the hospital appointment?"又は、"What time is the appointment at the hospital?"と言えます。
「何時に病院の予約をした?」は②の"At what time did you make the appointment with the hospital?"、又は"For what time did you make the appointment with the hospital?"
ご参考に。
What time is your doctor's appointment?: 「あなたの診察の予約は何時ですか?」という意味です。
appointment は、医師や歯科医などとの「予約」を指す最も自然な単語です。
doctor's(医師の)や hospital(病院)を付け加えることで、何の予約か明確に伝えられます。