I work in the e-commerce department of a cosmetics company.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
日本語でもよく使われている『EC』は、Electronic Commerce (e-commerce) 『電子商取引、インターネットによる通信販売』ですね!
『私は化粧品会社のEC事業部で働いています。』は、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
I work in the e-commerce department of a cosmetics company.
と言えます。
役立ちそうな単語とフレーズ
department 部、事業部、部門、部署
work in the sales department 営業部で働く
参考になれば幸いです。