ご質問ありがとうございます。
「止める」はstopと言いますが、映画と動画の話でpause（一時停止）が実際に使っています。
「〜してくれてありがとう」はThanks for XXX for meのニュアンスがありますので、「止めておいてくれてありがとう」をThanks for pausing it for meに訳せます。
ご参考になれば幸いです。
この場合は、to stop the movie や to pause the movie を使って次のように言うことができます。
ーThanks for stopping the movie for me.
「私のために映画を止めてくれてありがとう」
ーThanks for pausing the movie.
「映画を止めてくれてありがとう」
もし止めて欲しいとお願いする場合は、次のように言うと良いですよ。
ーCan you pause the movie for a second so I can go to the bathroom?
「トイレに行くから映画をちょっと止めてくれない？」
ご参考まで！
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