ご質問ありがとうございます。
① "He is treated in a different manner."＝「彼は違う対応をされる。」
② "He is treated differently."＝「彼は違った対応をされる。」
☆ 「～により」、又は「～が原因で」を付け加える場合は、"Due to ~ "を使えます。
例文："Due to the discrimination, he is treated differently."=「差別により、彼は違う扱いを受ける。」
ご参考になると幸いです。
こんにちは。
さまざまな言い方ができると思いますが、下記のような英語表現はいかがでしょうか：
treated differently
違う対応をされる
例：
He was treated differently than the other kids.
彼は他の子供とは違う対応をされました。
ぜひ参考にしてください。
アメリカ合衆国 
