"What do you mean?"
"mean" 「意味」
"what ~" 「どういう〜」
"what do you mean by that" も言えます。
"What does that mean?"
"that" 「それ」
[これも](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/5411/)役に立つかもしれませんので是非クリックしてください。
ご質問ありがとうございます。
従業中、先生は言っていること分からない場合、「どういう[意味](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/32891/)ですか」は「What do you mean?」は一番適切です。
また、別のよく使う表現は;
・「Could you explain again?」
（もう一度説明くれますか？）
・「I'm sorry, but I couldn't understand.」（すみません、理解できなかった）でも使えます。
ご参考になれば幸いです。
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