You should warm it up in hot water.
「それお湯で温めたほうがいいよ」
例えばレトルト食品などをお湯で温める場合、
Warm up the pouch in hot water. と言います。
・warm it up
・warm up the ~ （具体的に○○を温める、という名詞を入れる場合はこのフレーズ）
例：warm up the bottle, warm up the milk
参考になれば幸いです。
1)「お湯」はHot water、より熱くて沸騰している場合はBoiling waterと表現します。「温める」はWarm upです。「～で～」は～with～で二つの表現をつなげ合わせ、一つの完結文が成り立ちます。
2) さて、フレーズの場合は具体的な「物」が文に取り組まれています。「それ」は具体的ではないので'that'で表現し、回答１の例文と合わせて'warm THAT up with hot water'（それをお湯で温める）という文ができます。
最後に、「～ほうがいいよ」はYou shouldを使いました。厳密には'It is better to'のほうが意味はあっているのですが、フレーズのニュアンスにあってないと思います。You shouldのほうがカジュアルでより良いと思います。
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