Even if they spray pesticide on the tomato, it won't absorb it.
1.) Even if they spray pesticide on the tomato, it won't absorb it. (殺虫剤を使ってもトマトの中まで染み込まない) 主語はtheyを使ってもいいです。「~ても」という文法は英語でeven ifと普通に訳します。殺虫剤はトマトの外に付けますので、on the tomatoと言います。It doesn't absorb itの代わりにit won't absorb itの方が文法的正しいです。Even ifを使う時、その文の最後の部分は未来形になるんです。
Even when pesticides are used on tomato plants I don't think they get inside the tomatoes.
Even if chemicals are sprayed directly on the tomatoes I don't think it goes through to the inside.
殺虫剤を主語とした言い方だと下のようになります。
殺虫剤はトマトの苗全体に散布するものだと思うので、on tomato plants としました。
1) Even when pesticides are used on tomato plants I don't think they get inside the tomatoes.
「トマトの苗に殺虫剤を使ったとしても、トマトの中までは入っていかないよ。」
2) Even if chemicals are sprayed directly on the tomatoes I don't think it goes through to the inside.
「トマトに直接農薬がかかっても、中までは染み込まないと思うよ。」
「殺虫剤」は pesticides や chemicals と言えます。
「中にしみ込む」は get inside ~ や get through to ~ と言えます。
ご参考になれば幸いです!