上から
ごめん、よく[意味がわからない](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/50720/)。(または聞き取れなかった。)
どういう意味ですか？
もう一度説明してください。
少なくとも上に述べた3つはネガティヴな印象を与える聞き方ではありません。ただ日本語でも同様ですが、喋り方は大切です。
関連
I don't understand what you are saying.
あなたの言ってることが[理解できない](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/59392/)。
Now, I see what you meant.
なるほど、そういうことだったのね
(言わんとしてることがわかったわ。)
You mean 〜？：〜っていうこと？
ある程度相手の言っている真意がわかった場合は（または[確認をしたい](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/99675/)場合）、それを簡単に繰り返すのもネガティブな印象にはなりません。
What do you mean?：どういう意味？
言い方が強くなれば、威圧的ですし少しネガティブな印象になりかねないので話し方は優しめに！
Good luck!!
「それってどういう意味ですか」は英語でWhat do you mean?やWhat does that mean?などと言えます。英語で「それってどういう意味ですか」を伝えるフレーズがたくさんあると思います。「それ」を変えたら、他の質問ができます。例えば、「そのフレーズってどういう意味ですか」は英語でWhat does that phrase mean?になります。
例：
I’m sorry but what do you mean by that?
すみませんが、それってどういう意味ですか。
What does that mean? Could you explain it to me please?
それってどういう意味ですか。説明してくれますか。
What does that word mean?
その言葉ってどういう意味ですか。
日本 
アメリカ合衆国 
