We will check and notify you if our company can handle [the products].
We will check and let you know if it is possible to handle [the products].
「調査して連絡する」または「確認して連絡する」と言う意味で"We will check and notify you/ let you know" と文章を始めると "if we can handle [the products]" 「商品を扱えるかどうか」とナチュラルに文章を繋げることができます。
"deal" は「処理する」と言う意味にもなりますので、この場合は "handle" 「取り扱う」を使うと良いですね。