ご質問ありがとうございます。
最初の言い方は、I have over a thousand mangaです。この言い方の特徴は、aの使い方ですが、今回はoneと同じ意味になります。
二つ目の言い方は、I have over one thousand mangaです。最初の言い方のニュアンスと変わりません。人によっていうフレーズが違うだけです。
この二つの表現のポイントは I have over○○です。この表現は何に対して使え、とても便利な表現です。「○○以上を持っている」か「○○以上あります」という意味です。今回は漫画の話なので漫画にしましたが、自由にお使いください。
例えば、I have over 20 platesは「20枚以上のお皿があります」という意味です。
本に対する単語
漫画→manga, Japanese comics, comics
本→book
小説→novel
コミックス→comics
「漫画」は英語で "comic book" と言います。１０００冊「以上」と言うには "there are more than~" と文章を始めます。
なので、「漫画が１０００冊以上あります。」と言うには
"There are more than 1000 comic books" と言うと良いでしょう。
ご参考になれば幸いです。
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