ご質問ありがとうございます。
「どこの中学を卒業しましたか」を英語にすると、What junior high school did you graduate from?になります。こちらの言い方は一般的な言い方でよく使われています。また、悪い言い方についての質問がありますが、悪い言い方は特にないと思います。あるとすれば、悪口を入れて同じ文章を言うことになります。
では、単語を見てみましょう。
what どの
junior high school 中学校
did した
you あなた
graduate 卒業する
from から
did + 動詞 がこちらの表現のポイントです。didはdoの過去形で、「した」という意味がありますが。ただし、質問文で他の動詞と一緒に使うと、その動詞を過去にする効果があります。つまり、did you graduateは「あなたが卒業した」という意味です。
ご参考になれば幸いです。
ーWhich junior high school did you graduate from?
「どこの中学を卒業しましたか?」
graduate from ... 「…を卒業する」
ーWhere did you go to junior high school?
「どこの中学に行ったの？」
こちらの方がカジュアルな言い方です。
ご参考まで！
カナダ 
