Please send the documents in the order that your prepared them.
Please send the document in the order that your prepare them.
ご質問ありがとうございます。
「用意のできた順番に」はin the order that you preparedになります。preparedは過去形ですが、現在形でも使えます。意味がそんなに代わりません。そして、prepare以外、completeも使えます。
例文:発見した順番にキャンディーを食べよう。Let's eat the candy in the order that we found them!
ご参考いただければ幸いです。