東京の赤坂にあるお店に行きました。って英語でなんて言うの？

ーI went to the store in Akasaka in Tokyo.
「東京の赤坂にある店に行った。」
kouheiさんのおっしゃるように in Akasaka in Tokyo のように言えます。

ーI visited the shop in Akasaka, Tokyo.
「東京の赤坂にあるお店を訪れた。」
このようにカンマを使って in Akasaka, Tokyo と言うこともできます。

ご参考まで！