I think I finished paying for the product, but is there still something...?
ご質問ありがとうございます。
「何に時間がかかっているのですか」を直訳すると"What is taking time?"になりますが、どちらかというと、やんわりな表現とは言えないので、↑にはかなり遠回しな表現を書きました。
①
"Is everything alright with the payment?"＝「支払いに関しては問題ありませんか？」
②
"I think I finished paying for the product"＝「もう商品の会計は済んだと思うんですが」
"but is there still something...?"＝「それでもまだ何かありますか？」
ご参考に！
時間がかかっていると言う表現を含めてやんわり聞くのは
難しいと思いますが自分からしたら何か時間がかかっている様子だ
と伝えるとあまり責められてる感じはしないかもしれません。
この場合は高圧的な表現の what's taking so long に 's を省いて
seems to be を加えると良いと思います。
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