「自分で考える力が身につく」は英語で「Learn how to think for myself.」と言います。「身につく」は「to master」でも言えますが、この場合は、「learn」のほうがふさわしいと思います。
スマホに頼りすぎないように自分で考える力が身につきたいです。
I want to learn how to think for myself without relying on my smartphone too much.
By not relying on the smartphone so much you'll learn how to make decisions for yourself.
ご質問ありがとうございます。
学校でスマホを持っていかないメリットについて「スマホに頼りすぎないので[考える](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/34876/)力が身につく」と言いたいなら、そうすると、「By not relying on the smartphone so much you'll learn how to make decisions for yourself.」になります。
ご参考になれば幸いです。