At your school, are subjects other than English taught in English? Or in Japanese?
Are subjects other than English at your school taught in English or Japanese?
Are classes other than English at your school held in English or Japanese?
「英語以外の科目」、「その他の科目」は「subjects other than English」です。
学校の「科目」は「subject」です。
At your school, are subjects other than English taught in English? Or in Japanese?
あなたの学校では英語以外の科目も英語で授業が教えられていますか。それとも日本語で教えられていますか。
この文が日本語文の構成に近くて、自然な英語になっています。
でも、少し長い気がします。
ネイティブスピーカーは多分もうちょっと短くして、下のような文をいいます。
Are subjects other than English at your school taught in English or Japanese?
At your school, are subjects other than English taught in English or Japanese?
あなたの学校では英語以外の科目は英語か日本語で教えられていますか。
日本語だと「行う」を使いましたが、英語だと「teach(教える)」が一番自然な表現だと思います。「行う」の方が良いなら、「hold/held」になります。
Are classes other than English at your school held in English or Japanese?
あなたの学校では英語以外の授業は英語か日本語で行われていますか。