確かにmust をこの場合に使うと命令みたいになっちゃうので、あんまりこの場合に合っていません、なぜならこの場合は注意事項で、命令ではないからです。
最初の言い方は、Please watch out for penguins passing by は、ペンギンが通るので注意して下さいと言う意味として使われていました。
最初の言い方では、Please は、下さいと言う意味として使われています。Please watch out は、注意して下さいと言う意味として使われていました。
二つ目の言い方は、Please be on the lookout for penguins は、ペンギンが通るので注意して下さいと言う意味として使われています。
二つ目の言い方では、be on the lookout は、注意して下さいと言う意味として使われていました。
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Watch out for penguins crossing.
Caution: Penguins crossing.
Please be careful, penguins may be crossing here.
「ペンギンが通るので注意して下さい」は、標識っぽく言うのか、会話で説明するのかで自然な英語が少し変わります。
標識(サイン)として一番それっぽいのは、
Caution: Penguins crossing.
や
Watch out for penguins crossing.
のような短い表現です。