誰と電話しているのですかって英語でなんて言うの？

最初の言い方は、Who are you on the phone with? は、誰と電話しているのですかと言う意味として使われていました。

最初の言い方では、on the phone with は、電話していると言う意味として使われています。例えば、Who are you on the phone with right now? は、今誰と電話しているのですか？と言う意味として使われていました。

二つ目の言い方は、Who are you talking with on the phone? は、誰と電話で話しているのですかと言う意味として使われていました。

二つ目の言い方では、talking with は、は、話していると言う意味として使われています。

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With は一緒に話してると言う感じの表現になりますが
相手に向かって話してるかと言うと少し微妙かもしれません。

この場合は相手に向かって話してるので to を使うのが良いです。

誰に電話してるのですかと聞きたい場合は
who are you calling と表現できます。

こんにちは。
さまざまな言い方ができると思いますが、下記のような英語表現はいかがでしょうか：

Who are you talking to?
誰と話をしているの？

シンプルですが、使いやすい言い方だと思います。
talk to ... で「〜と話す」と言えます。

ぜひ参考にしてください。