ご質問ありがとうございます。
まず、favorite というのは、「いくつかある中で特に好きなもの」つまり「一番好きなもの」であるため、答えは一つだけということが多いです。なので、subject が単数形で
What is your favorite subject?
「あなたの一番好きな教科はなんですか」
と聞きます。
ただ、好きなものがいくつかあることが前提な場合は、
What are your favorite subjects?
「あなたが好きな教科は何ですか」
と聞くことができます。
ご参考になれば幸いです。
ご質問ありがとうございます。
・「What's your favorite subject?」
＝あなたの一番好きな教科はなんですか。
（例文）What's your favorite subject?//I love science and math.
（訳）あなたの一番好きな教科はなんですか。//私は理科と算数が大好きです。
「What subject do you like?」
＝あなたの好きな教科はなんですか。
（例文）What subject do you like?// I like English because my teacher is very nice!
（訳）あなたの好きな教科はなんですか。//先生がとても優しいので英語が好きです！
お役に立てれば嬉しいです。
Coco
日本 
